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Enregistrement W2112435922 · doi:10.3389/fpls.2011.00020

Protein–Protein Interaction Network and Subcellular Localization of the Arabidopsis Thaliana ESCRT Machinery

2011· article· en· W2112435922 sur OpenAlexafffund
Lynn G.L. Richardson, Alexander S. M. Howard, Nicholas Khuu, Satinder K. Gidda, Andrew McCartney, Brett J. Morphy, Robert T. Mullen

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Plant Science · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueFungal and yeast genetics research
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésArabidopsis thalianaESCRTSubcellular localizationArabidopsisProtein subcellular localization predictionCell biologyProtein–protein interactionBiologyComputational biologyTransport proteinChemistryGeneGeneticsEndosomeCytoplasmMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) consists of several multi-protein subcomplexes which assemble sequentially at the endosomal surface and function in multivesicular body (MVB) biogenesis. While ESCRT has been relatively well characterized in yeasts and mammals, comparably little is known about ESCRT in plants. Here we explored the yeast two-hybrid protein interaction network and subcellular localization of the Arabidopsis thaliana ESCRT machinery. We show that the Arabidopsis ESCRT interactome possesses a number of protein-protein interactions that are either conserved in yeasts and mammals or distinct to plants. We show also that most of the Arabidopsis ESCRT proteins examined at least partially localize to MVBs in plant cells when ectopically expressed on their own or co-expressed with other interacting ESCRT proteins, and some also induce abnormal MVB phenotypes, consistent with their proposed functional role(s) as part of the ESCRT machinery in Arabidopsis. Overall, our results help define the plant ESCRT machinery by highlighting both conserved and unique features when compared to ESCRT in other evolutionarily diverse organisms, providing a foundation for further exploration of ESCRT in plants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,144
Score d'incertitude au seuil0,205

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2011
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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