Microarray analysis of gene expression following preparation of sterile intestinal “loops” in calves
Notice bibliographique
Résumé
The surgical preparation of multiple, sterile intestinal “loops” has provided an effective model for the analysis of vaccine-induced mucosal immune responses in ruminants. The objective of the present investigation was to evaluate intestinal “loops” as a model for genomic analyses of mucosal immune responses. Immunohistochemistry revealed no significant changes in mucosal epithelial cell architecture but microarray analyses were completed to determine if surgery and elimination of microflora significantly altered gene expression in the small intestine of one month-old calves. RNA was isolated from intestinal “loops” (Sample) and adjacent, intact intestine (Control) of each animal at 48 h (n = 3) and 12 d (n = 3) postsurgery. Total RNA from control and sample tissues was hybridized on Pyxis Genomics bovine cDNA microarrays (7884 ESTs) to identify differentially expressed genes. We observed only 2.3% (180/7884) of ESTs were significantly and differentially changed in expression at 48 h post-surgery and approximately 80% (143/180) of these genes were up-regulated. A subset of these differentially expressed genes was validated by quantitative Real Time PCR and these analyses demonstrated that many genes were returning to baseline expression levels at 12 d post-surgery. Notable among differentially expressed genes were gene clusters involved in apoptosis, cell cycle, and cell differentiation. Surgery and elimination of microflora in 1-mo-old calves significantly altered the expression of a relatively minor number of genes but these genes were implicated in important aspects of normal mucosal function. Therefore, intestinal “loops” that control for the effects of surgical manipulation and commensal microflora must be included when conducting mucosal gene expression analyses within this animal model. Key words: Bovine, Cy-dye fluorescence, immunohistochemistry, intestine, microarray, microflora, resonance light scattering, qRT-PCR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».