SANTA domain: a novel conserved protein module in <i>Eukaryota</i> with potential involvement in chromatin regulation
Notice bibliographique
Résumé
Since packaging of DNA in the chromatin structure restricts the accessibility for regulatory factors, chromatin remodeling is required to facilitate nuclear processes such as gene transcription, replication, and genome recombination. Many conserved non-enzymatic protein domains have been identified that contribute to the activities of multiprotein remodeling complexes. Here we identified a novel conserved protein domain in Eukaryota whose putative function may be in regulating chromatin remodeling. Since this domain is associated with a known SANT domain in several vertebrate proteins, we named it the SANTA (SANT Associated) domain. Sequence analysis showed that the SANTA domain is approximately a 90 amino acid module and likely composed of four central beta-sheets and three flanking alpha-helices. Many hydrophobic residues exhibited high conservation along the domain, implying a possible function in protein-protein interactions. The SANTA domain was identified in mammals, chicken, frog, fish, sea squirt, sea urchin, worms and plants. Furthermore, a phylogenetic tree of SANTA domains showed that one plant-specific duplication event happened in the Viridiplantae lineage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».