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Enregistrement W2112867390 · doi:10.1099/ijs.0.03016-0

Hydrocarboniphaga effusa gen. nov., sp. nov., a novel member of the γ-Proteobacteria active in alkane and aromatic hydrocarbon degradation

2004· article· en· W2112867390 sur OpenAlexaboutno aff
Norberto J. Palleroni, Ava Port, Hung-Kuang Chang, Gerben J. Zylstra

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesDivision of ChemistryNational Science Foundation
Mots-clésBiologyAlkaneHydrocarbonAromatic hydrocarbonBotanyMicrobiologyBiochemistryOrganic chemistryChemistryCatalysis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Novel alkane-degrading strains of bacteria were isolated from soil contaminated with fuel oil from a leaking underground tank in New Jersey, USA. Two phenotypically similar strains (designated AP102 and AP103T) possessed 16S rRNA sequences unique among the majority of known hydrocarbon-degrading bacteria. The 16S rRNA sequences showed a moderate but distant relationship to the genus Nevskia and a substantial similarity to strains that had previously been isolated for growth on phenol (in Japan) and on toluene (in Canada) by other researchers. The hydrocarbon-degrading strains from Japan, Canada and New Jersey showed no resemblance to the typical morphology of Nevskia but did share a striking similarity among themselves in cell morphology, in the unusual appearance of colonies on various solid media and in various physiological properties. A full taxonomic analysis was performed, including DNA-DNA hybridization and nutritional screening with 117 organic compounds as sole sources of carbon and energy. The strains are active in the degradation of important environmental pollutants, and their phenotypic, physiological, metabolic and genomic properties suggest that they are members of a novel taxon in the gamma-Proteobacteria, for which the name Hydrocarboniphaga gen. nov. is proposed, with the single species Hydrocarboniphaga effusa sp. nov. The type strain is AP103T (=ATCC BAA-332T=DSM 16095T).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,590
Score d'incertitude au seuil0,403

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2004
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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