Molecular Evolution of Sexual and Parthenogenetic Lineages of the Armored Scale Insect <i>Aspidiotus nerii</i> (Hemiptera: Diaspididae) and Its Primary Bacterial Endosymbiont, <i>Uzinura diaspidicola</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Here we compare rates of molecular evolution in sexual and parthenogenetic lineages of Aspdiotus nerii Bouché (Hemiptera: Diaspididae) using the genealogies of three protein-coding loci from A. nerii (one mitochondrial and two nuclear), and two protein-coding loci from the primary endosymbiont Uzinura diaspidicola Gruwell (Proteobacteria: Gammaproteobacteria). To our knowledge, this is the first study to examine how the loss of sex affects DNA sequence substitution rates across nuclear, mitochondrial, and endosymbiont genomes. We find no differences between ratios of nonsynonymous to synonymous substitutions (dN/dS) in sexual and parthenogenetic lineages for nuclear loci (CAD and EFlα) and endosymbiont loci (rspB and GroEL). We do find, however, for a fragment spanning portions of the mitochondrial genes cytochrome oxidase 1 and 2 (CO1-CO2) that a model including separate dN/dS ratios for the sexual and parthenogenetic lineages is a significantly better fit for the data (P = 0.003) than a model that includes a single dN/dS ratio for both lineages. We find this result striking because for asexual lineages nuclear, mictochondrial, and endosymbiont genomes share a similar mode of transmission (i.e., vertical from mother to offspring), yet our results show that elevated dN/dS ratios were only observed in the mitochondrial genome. This result supports a recent hypothesis that interactions between the endosymbiont and nuclear genomes may limit the accumulation of deleterious mutations in the endosymbiont genome, and suggests that these same interactions may influence mutation rates in the nuclear genomes of asexual organisms as well.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».