Multiple gene genealogical analyses suggest divergence and recent clonal dispersal in the opportunistic human pathogen Candida guilliermondii
Notice bibliographique
Résumé
Candida guilliermondii is a haploid opportunistic pathogen accounting for about 2 % of human blood yeast infections. Recent analyses using multilocus enzyme electrophoresis and karyotyping suggest that strains from human sources traditionally designated C. guilliermondii in fact include at least two species, C. guilliermondii and Candida fermentati. However, the patterns of molecular variation within and between these two species remain largely unknown. In this study, DNA fragments were sequenced from five genes for each of 37 strains collected from Canada, China, the Philippines and Tanzania. The analyses identified significant sequence differences between C. guilliermondii and C. fermentati. The five gene genealogies showed no apparent incongruence, suggesting a predominantly clonal reproductive structure for both species in nature. Indeed, two large clones of C. guilliermondii were identified, with one from Ontario, Canada, and the other from China. Interestingly, the results indicate that strains currently designated C. guilliermondii may contain additional divergent lineages. On the practical side, the results revealed several diagnostic molecular markers that can be used in clinical microbiology laboratories to distinguish C. guilliermondii and C. fermentati. The multiple gene genealogical analyses conducted here revealed significant divergence and clonal dispersal in this important pathogenic yeast complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».