SRp30c Is a Repressor of 3′ Splice Site Utilization
Notice bibliographique
Résumé
Several intron elements influence exon 7B skipping in the mammalian hnRNP A1 pre-mRNA. We have shown previously that the 38-nucleotide CE9 element located in the intron separating alternative exon 7B from exon 8 can repress the use of a downstream 3' splice site. The ability of CE9 to act on heterologous substrates, combined with the results of competition and gel shift assays, indicates that the activity of CE9 is mediated by a trans-acting factor. UV cross-linking analysis revealed the specific association of a 25-kDa nuclear protein with CE9. Using RNA affinity chromatography, we isolated a 25-kDa protein that binds to CE9 RNA. This protein corresponds to SRp30c. Consistent with a role for SRp30c in the activity of CE9, recombinant SRp30c interacts specifically with CE9 and can promote splicing repression in vitro in a CE9-dependent manner. The closest homologue of SRp30c, ASF/SF2, does not bind to CE9 and does not repress splicing even when the intronic SRp30c binding sites are replaced with high-affinity ASF/SF2 binding sites. Only the first 7 nucleotides of CE9 are sufficient for binding to SRp30c, and mutations that abolish binding also prevent repression. Our results indicate that SRp30c can function as a repressor of 3' splice site utilization and suggest that the SRp30c-CE9 interaction may contribute to the control of hnRNP A1 alternative splicing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».