Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome
Notice bibliographique
Résumé
MOTIVATION: The ancestor of birds and mammals lived approximately 300 million years ago. Inferring its genome organization is key to understanding the differentiated evolution of these two lineages. However, detecting traces of its chromosomal organization in its extant descendants is difficult due to the accumulation of molecular evolution since birds and mammals lineages diverged. RESULTS: We address several methodological issues for the detection and assembly of ancestral genomic features of ancient vertebrate genomes, which encompass adjacencies, contiguous segments, syntenies and double syntenies in the context of a whole genome duplication. Using generic, but stringent, methods for all these problems, some of them new, we analyze 15 vertebrate genomes, including 12 amniotes and 3 teleost fishes, and infer a high-resolution genome organization of the amniote ancestral genome, composed of 39 ancestral linkage groups at a resolution of 100 kb. We extensively discuss the validity and robustness of the method to variations of data and parameters. We introduce a support value for each of the groups, and show that 36 out of 39 have maximum support. CONCLUSIONS: Single methodological principle cannot currently be used to infer the organization of the amniote ancestral genome, and we demonstrate that it is possible to gather several principles into a computational paleogenomics pipeline. This strategy offers a solid methodological base for the reconstruction of ancient vertebrate genomes. AVAILABILITY: Source code, in C++ and Python, is available at http://www.cecm.sfu.ca/~cchauve/SUPP/AMNIOTE2010/ CONTACT: cedric.chauve@sfu.ca SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».