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Enregistrement W2113301185 · doi:10.1186/1471-2164-15-s2-o22

Autism and related neurodevelopmental disorders: the many genes involved

2014· article· en· W2113301185 sur OpenAlexaff
Stephen W. Scherer

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueAutism Spectrum Disorder Research
Établissements canadiensSickKids FoundationUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCopy-number variationExome sequencingBiologyAutismGeneticsMissing heritability problemIntellectual disabilityExomeHuman geneticsAutism spectrum disorderHeritability of autismPopulationGenetic heterogeneityMedical geneticsNeurodevelopmental disorderGenePhenotypeGenotypeSingle-nucleotide polymorphismGenomeMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Autism spectrum disorders (ASDs) affect ~1% of the population and are characterized by impairments in social interaction and communication, as well as by repetitive and restricted behaviours. ASDs include mild to severe levels of impairment, with cognitive function ranging from above average to intellectual disability (ID), and are often accompanied by seizures and other medical problems. There is an ~4:1 male to female gender ratio in ASD. ASDs are highly heritable and genomic studies have revealed that a substantial proportion of ASD risk resides in rare variation of high effect, ranging from chromosome abnormalities and copy number variation (CNV) to single nucleotide variation (SNV). These studies have highlighted a striking degree of genetic heterogeneity, implicating both de novo germline mutation and rare inherited variation in ASD distributed across numerous genes. De novo CNVs are observed in 5%–10% of screened ASD cases, some of which have proven to alter high-risk genes now tested for in the medical diagnostic setting. Exome-sequencing studies estimated another ~6% contribution to ASD, and an additional 5% conferred by rare inherited recessive or X-linked loss-of-function SNV. A genetic overlap between ASD and other neuropsychiatric conditions has also been increasingly recognized. Interestingly, CNV testing and exome-sequencing have so far yielded mostly non-overlapping genes, which may reflect different mutational mechanisms, though they may still perturb connected biological pathways. While numerous ASD genes have been recognized to date, they only account for a small fraction of the overall estimated heritability, consistent with predictions that there are ~1000 loci underlying ASD and that many causal genes and risk variants remain to be identified. Here, I will discuss our latest genomic experiments to identify and characterize additional ASD risk genes, and to identify the biological relationships and common pathways they share. Our combined results suggest that rare variants affecting ASD risk in the population collectively encompass hundreds of genes some being influenced by the gender of the mutation carrier. Despite significant heterogeneity, genes group in a relatively small number of interconnected functional networks, particularly related to neuronal signalling/development, synapse function and chromatin regulation. All of these findings, ultimately, contribute to our understanding of the cellular pathways involved in ASD, providing new diagnostic and therapeutic targets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,033

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0100,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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