Contrasting Patterns of Transposable-Element Insertion Polymorphism and Nucleotide Diversity in Autotetraploid and Allotetraploid Arabidopsis Species
Notice bibliographique
Résumé
It has been hypothesized that polyploidy permits the proliferation of transposable elements, due to both the masking of deleterious recessive mutations and the breakdown of host silencing mechanisms. We investigated the patterns of insertion polymorphism of an Ac-like transposable element and nucleotide diversity at 18 gene fragments in the allotetraploid Arabidopsis suecica and the autotetraploid A. arenosa. All identified insertions were fixed in A. suecica, and many were clearly inherited from the parental species A. thaliana or A. arenosa. These results are inconsistent with a rapid increase in transposition associated with hybrid breakdown but support the evidence from nucleotide polymorphism patterns of a recent single origin of this species leading to genomewide fixations of transposable elements. In contrast, most insertions were segregating at very low frequencies in A. arenosa samples, showing a significant departure from neutrality in favor of purifying selection, even when we account for population subdivision inferred from sequence variation. Patterns of nucleotide variation at reference genes are consistent with the TE results, showing evidence for higher effective population sizes in A. arenosa than in related diploid taxa but a near complete population bottleneck associated with the origins of A. suecica.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».