The Molecular Basis for the pH-activation Mechanism in the Channel-forming Bacterial Colicin E1
Notice bibliographique
Résumé
The in vitro activity of the channel-forming bacteriocins such as colicin E1 in model membranes requires the specific activation of the protein by an acidic environment in the presence of a membrane potential. Acid activation of the C-terminal domain results in the formation of an insertion-competent intermediate with an enhanced ability to penetrate and perforate cell membranes. We report novel findings of this activation process through the design and study of mutant proteins involving the replacement of conserved Asp residues Asp-408, Asp-410, and Asp-423 within helices 5a and 4 in the colicin E1 channel domain that resulted in enhanced membrane binding, bilayer insertion rates, and ion channel activities at near neutral pH values. This activation process involves the destabilization of a critical salt bridge (Asp-410 and Lys-406) and H-bonds (Asp-408 and Ser-405 main chain; Asp-423 and Lys-420 main chain). The helix-to-coil transition of this motif was identified previously by time-resolved Trp fluorescence measurements (Merrill, A. R., Steer, B. A., Prentice, G. A., Weller, M. J., and Szabo, A. G. (1997) Biochemistry 36, 6874-6884), and here we use this approach to demonstrate that disruption of the helical structure of helices 4 and 5a results in a shift in this equilibrium to favor the coil state. Finally, we show that the essential components of the pH trigger motif are conserved among the channel-forming colicins and that it likely exists within other bacterial proteins and may even have evolved into more sophisticated devices in a number of microbial species.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».