Associations between Antimicrobial Resistance Genes in Fecal Generic <i>Escherichia coli</i> Isolates from Cow-Calf Herds in Western Canada
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this study was to examine associations among the genetic determinants of antimicrobial resistance (AMR) in 207 fecal generic Escherichia coli isolates obtained from 77 cow-calf herds in western Canada. Twenty-three resistance genes corresponding to six different antimicrobial families were assessed using DNA hybridization and PCR. The most common resistance genes in the study sample (207 isolates) were sul2 (48.3%), tet(B) (45.4%), and ant(3'')-Ia (aadA1) (19.3%). Several statistically significant associations between the examined resistance genes were detected. The strongest associations observed were those between genes for resistance to chloramphenicol (catI) and trimethoprim (dhfrI) (odds ratio [OR] = 214; P = 0.0001), sulfonamide (sul1) and chloramphenicol (catI) (OR = 96.9; P = 0.0001), streptomycin [ant(3'')-Ia (aadA1)] and trimethoprim (dhfrI) (OR = 96.2; P = 0.0001), sulfonamide (sul1) and streptomycin [ant(3'')-Ia (aadA1)] (OR = 79.3; P = 0.0001), and tetracycline [tet(B)] and sulfonamides (sul2) (OR = 25.7; P = 0.0001). At least one of the resistance genes corresponding to each nonaminoglycoside family of antimicrobials examined in this study was associated with the two aminoglycoside resistance genes ant(3'')-Ia (aadA1) and aph(3')-Ia. The multiple, strong associations between genes and the diverse nature of the associations described in this study demonstrate the complexity of resistance gene selection in cow-calf herds and should be considered in the planning of AMR control practices for cow-calf operations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».