Comparison of an Industry-Derived LCx <i>Chlamydia pneumoniae</i> PCR Research Kit to In-House Assays Performed in Five Laboratories
Notice bibliographique
Résumé
In a multicenter comparison of PCR assays utilizing 120 quantitated samples of 16 Chlamydia pneumoniae isolates, an LCx research-use-only (RUO) PCR developed by Abbott Laboratories demonstrated 100% sensitivity on 48 samples with >1 copy of DNA per microl of specimen. The sensitivities of five in-house PCR assays ranged from 54 to 94% for the same samples. All six assays showed decreased sensitivities as the DNA copy numbers of the samples decreased. Overall, sensitivities ranged from 68% for the LCx PCR assay to 29% for one of the in-house tests. The LCx RUO PCR and three of the five in-house PCR tests reported no false positives with the 24 negative samples. Increasing the number of replicates tested increased the sensitivities of all of the assays, including the LCx PCR. The LCx RUO assay showed high reproducibility for a single technologist and between technologists, with a kappa agreement of 0.77. The within-center agreements of the five in-house PCR tests varied from 0.19 to 0.74 on two challenges of 60 specimens 1 month apart. The LCx C. pneumoniae RUO PCR shows excellent potential for use in clinical studies, which could enable standardization of results in the field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,016 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».