The origins of apicomplexan sequence innovation
Notice bibliographique
Résumé
The Apicomplexa are a group of phylogenetically related parasitic protists that include Plasmodium, Cryptosporidium, and Toxoplasma. Together they are a major global burden on human health and economics. To meet this challenge, several international consortia have generated vast amounts of sequence data for many of these parasites. Here, we exploit these data to perform a systematic analysis of protein family and domain incidence across the phylum. A total of 87,736 protein sequences were collected from 15 apicomplexan species. These were compared with three protein databases, including the partial genome database, PartiGeneDB, which increases the breadth of taxonomic coverage. From these searches we constructed taxonomic profiles that reveal the extent of apicomplexan sequence diversity. Sequences without a significant match outside the phylum were denoted as apicomplexan specialized. These were collated into 9134 discrete protein families and placed in the context of the apicomplexan phylogeny, identifying the putative origin of each family. Most apicomplexan families were associated with an individual genus or species. Interestingly, many genera-specific innovations were associated with specialized host cell invasion and/or parasite survival processes. Contrastingly, those families reflecting more ancestral relationships were enriched in generalized housekeeping functions such as translation and transcription, which have diverged within the apicomplexan lineage. Protein domain searches revealed 192 domains not previously reported in apicomplexans together with a number of novel domain combinations. We highlight domains that may be important to parasite survival.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».