Molecular cloning, sequence characteristics, and polymorphism analyses of the tyrosinase-related protein 2 / DOPAchrome tautomerase gene of black-boned sheep (<i>Ovis aries</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Tyrosinase-related protein 2 (TYRP2) plays a pivotal role in the biosynthesis of eumelanin. Black-boned sheep have excessive melanin and eumelanin, resulting in dark (black) muscles and organs. This study was designed to investigate the effects of variants of the TYRP2 gene on black traits and coat colour of black-boned sheep. Melanin traits were measured in three populations of sheep (Nanping black-boned, Nanping normal, and Romney Marsh) and compared in this study. From the TYRP2 cDNA, all 8 exons and their flanking regions were amplified and characterized. Fifteen single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in the exons and their flanking regions. Five exonic polymorphic sites, including two synonymous (c.93T>G and c.1140C>T) and three non-synonymous mutations (c.163C>T (p.R55W), c.605G>A (p.R202H), and c.1141A>G (p.T381A)), were retrieved. PCR-RFLP analysis of c.605G>A showed that the frequencies of allele G in the Nanping black-boned, Nanping normal, and Romney Marsh sheep were 0.632, 0.603, and 0.886, respectively. Sheep with the GG genotype had significantly (P < 0.05) lower tyrosinase activity, alkali-soluble melanin content, and ratio of eumelanin : total melanin than sheep with GA and AA genotypes when measured across all investigated samples but not when samples within each population of sheep were compared. However, there was no association of TYRP2 genotype at a single SNP position with coat colour across populations. Nonetheless, the two breeds with higher overall tyrosinase activity did produce darker and more varied coat colours than the breed with lower tyrosinase activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».