Diversity among 2481 Escherichia coli from women with community-acquired lower urinary tract infections in 17 countries
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: In the recently published ECO.SENS survey, the antimicrobial susceptibility of Escherichia coli from urinary tract infections in women in 16 European countries and Canada was investigated. This study reports the diversity among these E. coli. METHODS: The 2481 E. coli, typed with the PhenePlate (PhP) System utilizing the dynamics and end result of 11 biochemical reactions in a microplate system, were clustered and the Simpson's index of diversity calculated. RESULTS: Seventy-four Common PhP Types (CT) comprising 2067 isolates and 414 Single Types (Si) were identified. Of these, 916 isolates (37%) belonged to one of the four most frequent CT (arbitrarily numbered CT48, 10, 26 and 20). CT48 with 400 isolates and 11 different susceptibility patterns, was widely disseminated across Europe and Canada and was the most frequent type in 13 countries and the second most frequent in the remaining four countries. Sixty-four per cent of the E. coli were susceptible to all eight investigated antimicrobials (CT48: 73%, CT10: 77%, CT26: 62% and CT20: 37%). Forty-six different susceptibility patterns were seen, the three most common being isolated resistance to ampicillin, resistance to ampicillin and trimethoprim, and isolated resistance to trimethoprim. Multiresistance, here defined as resistance to four or more of the investigated antibiotics, was distributed among E. coli belonging to several PhP types. CONCLUSIONS: There was no obvious correlation between the phenotypes identified with the PhP System and the susceptibility pattern. The data did not indicate clonal dissemination within or between countries as a major reason for differences in antimicrobial resistance rates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».