Genetic Variability and Structure of Canadian Populations of the Sapstain Fungus <i>Ceratocystis resinifera</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Genomic DNA was extracted from 129 isolates of Ceratocystis resinifera, a species belonging to the C. coerulescens complex, and 19 polymorphic random amplified polymorphic DNA markers were used to study the population genetic structure of this fungus. The analysis suggested a moderate value for genetic diversity (H(S) = 0.209). However, when monomorphic markers and rare alleles, representing 89 markers, also were included in the calculation, the genetic diversity of Canadian populations of C. resinifera appeared to be much lower (H(S) = 0.045). This could be explained by two hypotheses: (i) recent introduction of this species into North America and (ii) clonal reproduction (by selfing). No specialization by C. resinifera for coniferous tree species was observed based on genetic differentiation index between isolates sampled from Pinus and Picea spp. and on phylogenetic analysis using Dice coefficient of association. In spite of a low genetic diversity, a very high genetic differentiation was observed among the nine geographical populations studied (F(ST) = 20.8%). The genetic differences were especially striking when populations from Eastern Canada were compared with populations from Western Canada (phiST = 0.27%; P < 0.001), suggesting that a geographic reproductive barrier occurs in Central Canada. This barrier may be the consequence of a weak migration of insect vectors of C. resinifera due to reduced presence of hosts in the Canadian Great Plains, where extensive agriculture occurs. However, results from pairwise F(ST) matrix and phylogeny of haplotypes suggest that the barrier is not totally impenetrable because some gene flow occurred from the west and from the east in the Big River (Saskatchewan) population located in the middle of the Great Plains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».