Genome-wide analysis of thapsigargin-induced microRNAs and their targets in NIH3T3 cells
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Disruption of the endoplasmic reticulum (ER) homeostasis is the cause of ER stress. We performed microRNA (miRNA) analysis (deep sequencing) to search for coping responses (including signaling pathways) induced by disrupted ER Ca(2 +) homeostasis. Our focus was on a specific branch of UPR namely the bi-functional protein kinase/endoribonuclease inositol-requiring element 1α (IRE1α). Activated IRE1α undergoes autophosphorylation and oligomerization, leading to the activation of the endoribonuclease domain and splicing of the mRNA encoding XBP1 specific transcription factor. This processing changes the coding reading frame, producing a potent transcription factor termed XBP1s. We utilized the XBP1 splicing luciferase reporter to screen for modulators of the IRE1α branch of the unfolded protein response (UPR). Here, we describe a detailed experimental design and bioinformatics analysis of ER Ca(2 +) depletion (thapsigargin treated)-induced microRNA (deep sequencing) profile. The data can be access at the Gene Expression Omnibus (GEO), the National Center for Biotechnology Information (NCBI), reference number GSE57138.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle