Genome-wide analysis of thapsigargin-induced microRNAs and their targets in NIH3T3 cells
Notice bibliographique
Résumé
Disruption of the endoplasmic reticulum (ER) homeostasis is the cause of ER stress. We performed microRNA (miRNA) analysis (deep sequencing) to search for coping responses (including signaling pathways) induced by disrupted ER Ca(2 +) homeostasis. Our focus was on a specific branch of UPR namely the bi-functional protein kinase/endoribonuclease inositol-requiring element 1α (IRE1α). Activated IRE1α undergoes autophosphorylation and oligomerization, leading to the activation of the endoribonuclease domain and splicing of the mRNA encoding XBP1 specific transcription factor. This processing changes the coding reading frame, producing a potent transcription factor termed XBP1s. We utilized the XBP1 splicing luciferase reporter to screen for modulators of the IRE1α branch of the unfolded protein response (UPR). Here, we describe a detailed experimental design and bioinformatics analysis of ER Ca(2 +) depletion (thapsigargin treated)-induced microRNA (deep sequencing) profile. The data can be access at the Gene Expression Omnibus (GEO), the National Center for Biotechnology Information (NCBI), reference number GSE57138.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».