Estimating myostatin gene effect on milk performance traits using estimated gene content for a large number of non-genotyped cows
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this study was to estimate the myostatin (mh) gene's effect on milk, protein and fat yield in a large heterogeneous cow population, of which only a small portion was genotyped. For this purpose, a total of 13 992 889 test-day records derived from 799 778 cows were available. The mh gene effect was estimated via BLUP using a multi-lactation, multi-trait random regression test-day model with an additional fixed regression on mh gene content. As only 1416 animals, (of which 1183 cows had test-day records) were genotyped, more animals of additional breeds with assumed known genotype were added to estimate the genotype (gene content) of the remaining cows more reliably. This was carried out using the conventional pedigree information between genotyped animals and their non-genotyped relatives. Applying this rule, mean estimated gene content over all cows with test-day records was 0.104, showing that most cows were homozygous +/+. In contrast, when gene content estimation was only based on genotyped animals, mean estimated gene content over all cows with test-day records was with 1.349 overestimated. Therefore, the applied method for gene content estimation in large populations needs additional genotype assumptions about additional animals representing genetic diversity when the breed composition in the complete population is heterogeneous and only a few animals from predominantly one breed are genotyped. Concerning allele substitution effects for one copy of the 'mh' gene variant, significant decreases of -76.1 kg milk, -3.6 kg fat and -2.8 kg protein/lactation were obtained on average when gene content estimation was additionally based on animals with assumed known genotype. Based on this result, knowledge of the mh genotypes and their effects has the potential to improve milk performance traits in cattle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».