Characterization of Invasive Group B Streptococcus Strains from the Greater Toronto Area, Canada
Notice bibliographique
Résumé
We determined the capsular polysaccharide (CPS) type of 600 group B Streptococcus (GBS) (also known as Streptococcus agalactiae) strains recovered from patients with invasive infections in the greater Toronto area, Canada, between 2009 and 2012. GBS strains of CPS type III were the most prevalent among infants (44% in those with early-onset disease, 75% in those with late-onset disease), while type V strains were most frequently isolated from adult patients (26% in patients≥19 years old). We next investigated the presence in our collection of GBS strains belonging to the hypervirulent multilocus sequence typing clonal complex 17 (CC17). We used a PCR test described as specific for the detection of CC17 strains, which targets the gene encoding the major virulence factor HvgA. We identified 91 hvgA-positive strains; of these, 88 were CPS type III, 2 were CPS type IV, and 1 was CPS type V. Using whole-genome sequencing, we showed that the two hvgA-positive CPS type IV strains are CC17 strains which underwent capsular switching. However, sequence analysis revealed that the hvgA-positive CPS type V strain does not belong to CC17 but instead is a bona fide CC1 strain which acquired hvgA, probably by recombination from a CC17 donor. Our findings underline the importance of recombination in GBS pathogenesis and caution against the use of single-gene-based PCR tests to detect CC17 GBS strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».