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Enregistrement W2115274774 · doi:10.1093/glycob/cws059

Characterization of exogenous bacterial oligosaccharyltransferases in Escherichia coli reveals the potential for O-linked protein glycosylation in Vibrio cholerae and Burkholderia thailandensis

2012· article· en· W2115274774 sur OpenAlex
Carol Gebhart, M. Verónica Ielmini, Béla Reiz, Nancy L. Price, Finn Erik, Michael Koomey, Mario F. Feldman

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueGlycobiology · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensAlberta Glycomics CentreUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésGlycanEscherichia coliGlycosylationVibrio choleraeBiologyBurkholderiaBiochemistryMicrobiologyGlycoproteinBacteriaGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bacterial protein glycosylation systems from varying species have been functionally reconstituted in Escherichia coli. Both N- and O-linked glycosylation pathways, in which the glycans are first assembled onto lipid carriers and subsequently transferred to acceptor proteins by an oligosaccharyltransferase (OTase), have been documented in bacteria. The identification and characterization of novel OTases with different properties may provide new tools for engineering glycoproteins of biotechnological interest. In the case of OTases involved in O-glycosylation (O-OTases), there is very low sequence homology between those from different bacterial species. The Wzy_C signature domain common to these enzymes is also present in WaaL ligases; enzymes involved in lipopolysaccharide biosynthesis. Therefore, the identification of O-OTases using solely bioinformatic methods is problematic. The hypothetical proteins BTH_I0650 from Burkholderia thailandensis E264 and VC0393 from Vibrio cholerae N16961 contain the Wzy_C domain. In this work, we demonstrate that both proteins have O-OTase activity and renamed them PglL(Bt) and PglL(Vc), respectively, similar to the Neisseria meningitidis counterpart (PglL(Nm)). In E. coli, PglL(Bt) and PglL(Vc) display relaxed glycan and protein specificity. However, effective glycosylation depends upon a specific combination of the protein acceptor, glycan and O-OTase analyzed. This knowledge has important implications in the design of glycoconjugates and provides novel tools for use in glycoengineering applications. The codification of enzymatically active O-OTase in the genomes of members of the Vibrio and Burkholderia genera suggests the presence of still unknown O-glycoproteins in these organisms, which might have a role in bacterial physiology or pathogenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,272
Score d'incertitude au seuil0,571

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle