The diversity of plant U-box E3 ubiquitin ligases: from upstream activators to downstream target substrates
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitin-mediated proteolysis is an integral part of diverse cellular functions, and of the three enzymes involved in linking ubiquitin to protein targets, the E3 ubiquitin ligases are of particular interest as they confer substrate specificity during this process. The E3 ubiquitin ligases can be categorized based on mechanism of action and on the presence of specific domains such as RING, HECT, F-box, and U-box. In plants, the U-box family has undergone a large gene expansion that may be attributable to biological processes unique to the plant life cycle. For example, there are 64 predicted plant U-box (PUB) proteins in Arabidopsis, and the biological roles of many of these have yet to be determined. Research on PUB genes from several different plants has started to elucidate a range of functions for this family, from self-incompatibility and hormone responses to defence and abiotic stress responses. Expression profiling has also been used as a starting point to elucidate PUB function, and has uncovered a strong connection of PUB genes to various stress responses. Finally, some PUB proteins have been linked to receptor kinases as upstream activators, and downstream target substrates are also starting to emerge. The mechanisms of action range from the observation of mono-ubiquitination during non-proteolytic signalling to directed regulation of proteasomal components during stress responses, and cell death appears to be a theme underlying many PUB functions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».