Performance of a Foot-and-Mouth Disease virus Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction with Amplification Controls between Three Real-Time Instruments
Notice bibliographique
Résumé
The foot-and-mouth disease virus (FMDV) is a member of the picornavirus family, possessing an 8-kb single-stranded RNA genome of positive polarity. It is highly contagious among several livestock species and can lead to severe economic consequences, as evidenced by the UK outbreak in 2001. The usage of real-time polymerase chain reaction has facilitated rapid detection of FMDV. Several real-time PCR instruments are available with various capabilities, such as portability and high sample volume analysis. Primers and a dual-labeled TaqMan probe were optimized to detect a single, highly conserved 88-bp segment of the FMDV 3D (RNA polymerase) gene. To increase the confidence of the RT-PCR result, a positive amplification control was synthesized to detect potential false-positive results due to contamination if a wild-type virus is used as positive control. In addition, a preventative measure against false-negative results was developed in which endogenous beta actin mRNA is coamplified by RT-PCR. Assay performance was compared on the LightCycler1.2 (Roche), the SmartCyclerII (Cepheid), and the SDS 7900HT (ABI). These assays successfully identified the FMDV genome and beta actin mRNA from several sources of infected nasal and oral swabs, as well as probang samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,022 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,007 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,004 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».