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Enregistrement W2115773381 · doi:10.1139/g06-153

Reference karyotype and cytomolecular map for loblolly pine (Pinus taeda L.)

2007· article· en· W2115773381 sur OpenAlexvenueno aff
M. Nurul Islam‐Faridi, C. Dana Nelson, Thomas L. Kubisiak

Notice bibliographique

RevueGenome · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueChromosomal and Genetic Variations
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMcKnight FoundationNational Science Foundation
Mots-clésBiologyLoblolly pineKaryotypePinus <genus>ChromosomeMetaphaseGeneticsBotanyGenomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A reference karyotype is presented for loblolly pine (Pinus taeda L., subgenus Pinus, section Pinus, subsection Australes), based on fluorescent in situ hybridization (FISH), using 18S-28S rDNA, 5S rDNA, and an Arabidopsis-type telomere repeat sequence (A-type TRS). Well separated somatic chromosomes were prepared from colchicine-treated root meristems, using an enzymatic digestion technique. Statistical analyses performed on chromosome-arm lengths, centromeric indices, and interstitial rDNA and telomeric positions were based on observations from 6 well-separated metaphase cells from each of 3 unrelated trees. Statistically, 7 of the 12 loblolly pine chromosomes could be distinguished by their relative lengths. Centromeric indices were unable to distinguish additional chromosomes. However, the position and relative strength of the rDNA and telomeric sites made it possible to uniquely identify all of the chromosomes, providing a reference karyotype for use in comparative genome analyses. A dichotomous key was developed to aid in the identification of loblolly pine chromosomes and their comparison to chromosomes of other Pinus spp. A cytomolecular map was developed using the interstitial 18S-28S rDNA and A-type TRS signals. A total of 54 bins were assigned, ranging from 3 to 5 bins per chromosome. This is the first report of a chromosome-anchored physical map for a conifer that includes a dichotomous key for accurate and consistent identification of the P. taeda chromosomes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,981
Score d'incertitude au seuil0,245

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations50
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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