B−Z Conformational Transition of DNA Monitored by Vibrational Circular Dichroism. Ab Initio Interpretation of the Experiment
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The B−Z conformational transition was induced by Mn 2+ ions in a synthetic oligonucleotide (dG-dC) 20 and monitored by the vibrational circular dichroism (VCD). For the first time, the spectra were analyzed on the basis of quantum-mechanical computations. Force field and intensity tensors computed ab initio for smaller DNA fragments were transferred to a d(GCGCGCGC) 2 octamer model including explicit water molecules. The method allowed us to assign and explain most of the frequency and intensity features observed in the absorption and VCD spectra of the B- and Z-forms. Particularly, the computations reproduced the VCD sign flip caused by the transition due to the C O stretching and allowed us to assign most spectral bands in the nitrogen bases vibrational region. Also, known isotopic effects (deuteration and a 18 O substitution) were reproduced correctly. For the sugar−phosphate modes, the assignment of the VCD bands was hindered by a weak experimental signal. The approach based on quantum-mechanical computations was found superior to previous models based on coupled oscillator theory. Water molecules hydrogen-bonded to the DNA skeleton had to be included for reliable interpretation of the VCD and IR spectral patterns, namely, for the sugar−phosphate vibrations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle