Gene expression in caged fish as a first-tier indicator of contaminant exposure in streams
Notice bibliographique
Résumé
The development of sensitive, biologically based indicators of contaminant exposure (i.e., biomarkers) is an ongoing topic of research. These indicators have been proposed as a first-tier method of identifying contaminant exposure. The primary objective of this research was to implement a biomarker-based method of exposure assessment using caged fish and real-time reverse-transcriptase polymerase chain reaction (rtRT-PCR) measurements of gene expression. Primers were developed for the CYPIA, metallothionein, and vitellogenin genes in rainbow trout (Oncorhynchyus mykiss), cutbow trout (Oncorhynchyus clarkii x mykiss), and Atlantic salmon (Salmo salar). Each of these genes has been shown to respond specifically to planar aromatic compounds, heavy metals, and environmental estrogens, respectively. Juvenile fish were placed in cages and exposed in situ at reference and contaminated sites on the Cache la Poudre River (CO, USA), the Arkansas River (CO, USA), the St. John River (NB, Canada), and two urban creeks near Dayton (OH, USA). Quantitative gene expression was determined using rtRT-PCR. Biomarker expression profiles were obtained that demonstrated differences in CYPIA, metallothionein, and vitellogenin mRNA production unique to each site, indicating that specific types of compounds were bioavailable and present in sufficient concentrations to elicit transcriptional responses in the organism. These findings support the use of a biomarker-based approach to exposure identification and assessment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».