Human Non-synonymous Single Nucleotide Polymorphisms Can Influence Ubiquitin-mediated Protein Degradation
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitin-mediated proteolysis plays a critical role in the degradation of proteins important in the cellular processes, such as cell cycle/division, differentiation and development, DNA repair, transcriptional regulation, and signaling. It is carried out by a complex cascade of enzymes that contain a high degree of specificity to motifs found in many proteins with rapid turnover. For example, the PEST motifs are hydrophilic stretches of amino acids that serve as signals for proteolytic degradation. In this study, we propose that amino acid altering non-synonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNP) result in the abolishment or creation of putative PEST motifs, and thus lead to abnormal stabilization or degradation of the proteins. Using a web-based algorithm, PESTFind, we analyzed a total of 253 nsSNPs from proteins involved in cell cycle (n = 24), DNA repair (n = 128), and TGFbeta signaling pathway (n = 101). Fifteen nsSNPs were located within putative PEST sequences, and 9/15 (60%) either created or abolished these PEST motifs. PEST motifs were abolished in the presence of nsSNPs in CCND3, PMS2, POLE4, SITPEC, and PPARG and putative PEST motifs were created in NEIL2, BIRC4, MLL2, and PPP1R15A. Although experimental analyses are required to confirm these results, they suggest that nsSNPs can induce changes in ubiquitin-mediated protein degradation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».