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Enregistrement W2116117183 · doi:10.1002/aur.1475

Meta‐Analysis of Gene Expression in Autism Spectrum Disorder

2015· review· en· W2116117183 sur OpenAlexafffund
Carolyn Ch’ng, Willie Kwok, Sanja Rogić, Paul Pavlidis

Notice bibliographique

RevueAutism Research · 2015
Typereview
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueAutism Spectrum Disorder Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Institute of Mental HealthNational Institutes of HealthCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenChildren Neurodevelopmental Disorders Network
Mots-clésAutismTranscriptomeAutism spectrum disorderPhenotypeMeta-analysisDNA microarrayMicroarrayGeneBiologyGene expression profilingNeurosciencePsychologyGeneticsGene expressionDevelopmental psychologyMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Autism spectrum disorders (ASD) are clinically heterogeneous and biologically complex. In general it remains unclear, what biological factors lead to changes in the brains of autistic individuals. A considerable number of transcriptome analyses have been performed in attempts to address this question, but their findings lack a clear consensus. As a result, each of these individual studies has not led to any significant advance in understanding the autistic phenotype as a whole. Here, we report a meta-analysis of more than 1000 microarrays across twelve independent studies on expression changes in ASD compared to unaffected individuals, in both blood and brain tissues. We identified a number of known and novel genes that are consistently differentially expressed across three studies of the brain (71 samples in total). A subset of the highly ranked genes is suggestive of effects on mitochondrial function. In blood, consistent changes were more difficult to identify, despite individual studies tending to exhibit larger effects than the brain studies. Our results are the strongest evidence to date of a common transcriptome signature in the brains of individuals with ASD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,899
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0070,003
Bibliométrie0,0100,020
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0040,002
Intégrité de la recherche0,0010,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,337
Tête enseignante GPT0,469
Écart entre enseignants0,133 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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