Multiple Groups of Novel Retroviral Genomes in Pigs and Related Species
Notice bibliographique
Résumé
In view of the concern over potential infection hazards in the use of porcine tissues and organs for xenotransplantation to humans, we investigated the diversity of porcine endogenous retrovirus (PERV) genomes in the DNA of domestic pigs and related species. In addition to the three known envelope subgroups of infectious gamma retroviruses (PERV-A, -B, and -C), classed together here as PERV group gamma 1, four novel groups of gamma retrovirus (gamma 2 to gamma 5) and four novel groups of beta retrovirus (beta 1 to beta 4) genomes were detected in pig DNA using generic and specific PCR primers. PCR quantification indicated that the retroviral genome copy number in the Landrace x Duroc F(1) hybrid pig ranged from 2 (beta 2 and gamma 5) to approximately 50 (gamma 1). The gamma 1, gamma 2, and beta 4 genomes were transcribed into RNA in adult kidney tissue. Apart from gamma 1, the retroviral genomes are not known to be infectious, and sequencing of a small number of amplified genome fragments revealed stop codons in putative open reading frames in several cases. Analysis of DNA from wild boar and other species of Old World pigs (Suidae) and New World peccaries (Tayassuidae) showed that one retrovirus group, beta 2, was common to all species tested, while the others were present among all Old World species but absent from New World species. The PERV-C subgroup of gamma1 genomes segregated among domestic pigs and were absent from two African species (red river hog and warthog). Thus domestic swine and their phylogenetic relatives harbor multiple groups of hitherto undescribed PERV genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».