Diagnostic Performance of a Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction Test for Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus
Notice bibliographique
Résumé
Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) virus first appeared in swine in Canada in the late 1970s, in the United States in the mid 1980s, and in Europe in 1990.23 Since that time, PRRS virus infection has become endemic in most pork-producing areas of the world. Although infection is frequently subclinical, PRRS virus plays a significant role in swine health, as reflected in the number of cases submitted to veterinary diagnostic laboratories located in swine-dense areas. For instance, in 1998 the Iowa State University Veterinary Diagnostic Laboratory (ISU-VDL) performed 90,608 serologic tests for the detection of PRRS virus antibody (J. Zimmerman, personal communication), and among diagnostic cases involving swine, 83% of samples (5,026/6,023) submitted for virus isolation included a request for isolation of PRRS virus (K.-J. Yoon, personal communication). Economically, PRRS is generally perceived to be the most significant infectious disease of swine in North America. Over the last several years, the economic impact of PRRS virus on swine production has stimulated a substantial investment of research resources into the search for effective disease control strategies. The development of accurate and rapid diagnostic assays has been an essential part of this effort. Numerous procedures have been developed and implemented for the diagnosis of PRRS, including serum antibody assays, virus isolation techniques, and antigen detection and visualization in tissues by immunohistochemistry or immunofluorescence microscopy.24 In addition, a number of polymerase chain reaction (PCR) assays and in situ hybridization techniques have been developed for the detection of PRRS virus RNA in clinical specimens, including serum, semen, and tissues.4,9–12,16,17 The transfer of PCR technology into the diagnostic setting has been of particular interest to diagnosticians and swine practitioners. Generally, PCR is considered to offer distinct advantages over other techniques, including faster availability of results, higher diagnostic sensitivity, and higher diagnostic specificity. At the present time, however, documentation of the specific diagnostic performance characteristics of PCR assays is sparse. Here, we report observations on the diagnostic performance of a PCR assay for the detection of PRRS virus. The original intent of this research was to use a reverse transcription-nested PCR (RT-nPCR) to detect PRRS virus genomic material in field samples collected from 20 commercial swine herds. Field samples (n 5 756) were submit-
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».