Increased Fitness and Alteration of Metabolic Pathways during Bacillus subtilis Evolution in the Laboratory
Notice bibliographique
Résumé
Five batch cultures of Bacillus subtilis were subjected to evolution in the laboratory for 6,000 generations under conditions repressing sporulation in complex liquid medium containing glucose. Between generations 1,000 and 2,000, variants with a distinct small-colony morphology arose and swept through four of the five populations that had been previously noted for their loss of sporulation (H. Maughan et al., Genetics 177:937-948, 2007). To better understand the nature of adaptation in these variants, individual strains were isolated from one population before (WN715) and after (WN716) the sweep. In addition to colony morphology, strains WN715 and WN716 differed in their motility, aerotaxis, and cell morphology. Competition experiments showed that strain WN716 had evolved a distinct fitness advantage over the ancestral strain and strain WN715 during growth and the transition to the postexponential growth phase, which was more pronounced when WN715 was present in the coculture. Microarray analyses revealed candidate genes in which mutations may have produced some of the observed phenotypes. For example, loss of motility in WN716 was accompanied by decreased transcription of all flagellar, motility, and chemotaxis genes on the microarray. Transcription of alsS and alsD was also lower in strain WN716, and the predicted loss of acetoin production and enhanced acetate production was confirmed by high-performance liquid chromatography (HPLC) analysis. The results suggested that the derived colony morphology of strain WN716 was associated with increased fitness, the alteration of several metabolic pathways, and the loss of a typical postexponential-phase response.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».