Notice bibliographique
Résumé
Abstract Adenosine 5′‐triphosphate (ATP) binds to a great number of proteins to elicit a wide variety of effects, including energy production and molecular signalling. Proteins have evolved different strategies to specifically recognize ATP, utilizing different ways of binding the phosphoryl moieties as well as the adenine base. The most common, conserved sequence and structural motif for binding ATP is the Walker‐A motif, or P‐loop, found in many different protein structural families. Greater variation in the sequence of the P‐loop is being recognized, as more ATP‐binding proteins are being structurally and functionally characterized. In contrast to the P‐loop, recognition of the adenine base often makes use of conserved structural motifs of main‐chain atoms via hydrogen‐bonding interactions, or side‐chains in stacking interactions, without a definitive amino acid sequence pattern. Key concepts: A major class of ATP‐binding proteins are those that contain a P‐loop or Walker‐A motif. P‐loops or glycine‐rich loops function by binding the phosphoryl groups of ATP. Several sequence variations on the Walker‐A motif are now known and have been functionally characterized. The Walker‐B motif contains a conserved acidic residue (Glu/Asp) that functions to bind directly or indirectly a metal ion important in catalysis. Adenine‐binding does not occur through specific sequence motifs, but rather uses a conserved pattern of polar and nonpolar interactions within a structural motif. Both main‐chain hydrogen bonding and aromatic residue stacking contribute to adenine‐binding by proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,048 | 0,031 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».