Worldwide incidence, molecular epidemiology and mutations implicated in fluoroquinolone-resistant Streptococcus pneumoniae: data from the global PROTEKT surveillance programme
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To analyse the mutations and epidemiology associated with fluoroquinolone-resistant pneumococci collected as part of the PROTEKT global surveillance programme during 1999-2000. METHODS: Sixty-nine centres in 25 countries submitted a total of 3362 Streptococcus pneumoniae isolates, for which the MICs of antimicrobial agents were determined using NCCLS methodology. RESULTS: Levofloxacin resistance was low overall (1% worldwide), with higher rates in: Hong Kong (14.3%), South Korea (2.9%), USA (1.8%), Mexico (1.5%), Canada (1.4%) and Japan (1.3%). Levofloxacin resistance was very low or absent in European countries, and absent in Australia. Worldwide, there was a total of 35 levofloxacin-resistant isolates, of which 22 (63%) were resistant and 10 (29%) were intermediate to moxifloxacin. All levofloxacin-resistant isolates were susceptible to telithromycin (< or =0.5 mg/L), linezolid (< or =2 mg/L) and quinupristin/dalfopristin (< or =1 mg/L). One or more mutations in the topoisomerase genes were identified in all levofloxacin-resistant isolates; most of these isolates (33/35) had a mutation in one of the DNA gyrase encoding genes (gyrA, gyrB) and one of the topoisomerase IV encoding genes (parC, parE). Eighteen (51%) isolates carried the same combination of amino acid substitutions: Ser-81-->Phe in GyrA and Ser-79-->Phe in ParC. Isolates displaying a levofloxacin MIC of 2-4 mg/L generally had no mutation or one mutation in either a DNA gyrase or a topoisomerase IV gene, although most mutations were in parC. CONCLUSIONS: Most levofloxacin-resistant isolates possess two mutations (one in DNA gyrase and one in topoisomerase IV). Although multilocus sequence typing demonstrated that most of these isolates were unrelated, 12 (34%) were the Spain23F-1 clone: 10 from Hong Kong and one each from Saskatchewan, Canada and Sao Paulo, Brazil.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».