Phenotypic Diversity Caused by Differential RpoS Activity among Environmental Escherichia coli Isolates
Notice bibliographique
Résumé
Enteric bacteria deposited into the environment by animal hosts are subject to diverse selective pressures. These pressures may act on phenotypic differences in bacterial populations and select adaptive mutations for survival in stress. As a model to study phenotypic diversity in environmental bacteria, we examined mutations of the stress response sigma factor, RpoS, in environmental Escherichia coli isolates. A total of 2,040 isolates from urban beaches and nearby fecal pollution sources on Lake Ontario (Canada) were screened for RpoS function by examining growth on succinate and catalase activity, two RpoS-dependent phenotypes. The rpoS sequence was determined for 45 isolates, including all candidate RpoS mutants, and of these, six isolates were confirmed as mutants with the complete loss of RpoS function. Similarly to laboratory strains, the RpoS expression of these environmental isolates was stationary phase dependent. However, the expression of RpoS regulon members KatE and AppA had differing levels of expression in several environmental isolates compared to those in laboratory strains. Furthermore, after plating rpoS+ isolates on succinate, RpoS mutants could be readily selected from environmental E. coli. Naturally isolated and succinate-selected RpoS mutants had lower generation times on poor carbon sources and lower stress resistance than their rpoS+ isogenic parental strains. These results show that RpoS mutants are present in the environment (with a frequency of 0.003 among isolates) and that, similarly to laboratory and pathogenic strains, growth on poor carbon sources selects for rpoS mutations in environmental E. coli. RpoS selection may be an important determinant of phenotypic diversification and, hence, the survival of E. coli in the environment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».