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Enregistrement W2116820578 · doi:10.1094/pdis-93-2-0196b

First Report of <i>Colombian datura virus</i> in Brugmansia in Canada

2009· article· en· W2116820578 sur OpenAlexaffabout
M. Rott, A. Schmidt, V. K. Joshi, C. Masters, Sharon E. Godkin, R. Johnson

Notice bibliographique

RevuePlant Disease · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueInsect-Plant Interactions and Control
Établissements canadiensMinistry of AgricultureGovernment of British ColumbiaCanadian Food Inspection Agency
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyWiltingNicotiana benthamianaPotyvirusPotyviridaePlant virusInoculationDaturaHerbaceous plantMyzus persicaeCapsicum chinenseAphidBotanyDatura stramoniumZucchini yellow mosaic virusPetiole (insect anatomy)Indicator plantVirusHorticultureVirologyPepper

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Colombian datura virus (CDV) was first described in 1968 (3) and has since been reported in Europe (4), Japan (see 4 for additional references), and the United States (1,2). CDV is a member of the family Potyviridae with flexuous, filamentous nucleocapsids that can be transmitted by mechanical inoculation and grafting and is known to be vectored by the common aphid Myzus persicae. In the fall of 2007, five Brugmansia plants of unknown species from a Parks Board Collection in a Lower Mainland nursery, British Columbia, Canada, were found to be displaying symptoms typical of a viral infection: chlorotic flecking and mottling on leaves, leaf shrivel, and vein banding. Symptomatic leaves from these five plants were tested by ELISA (Immuno Strip Test, Agdia, Elkhart, IN) for several common viruses including Impatiens necrotic spot, Tobacco mosaic, Cucumber mosaic, and Tomato spotted wilt viruses and found to be negative for all. However, rub inoculations onto the herbaceous indicators Nicotiana occidentalis and N. benthamiana resulted in severe symptom formation including necrosis, wilting, shriveling, stunted growth, petiole and stem tip collapse, as well as collapse from the base of the plants, and plant death within 2 weeks after inoculation. A leaf dip assay of the original infected Brugmansia sample and infected N. benthamiana tissue revealed flexuous, potyvirus-like particles with the electron microscope (EM). On the basis of the Brugmansia leaf symptoms and the EM results, a possible infection with CDV was suspected. Primers CDV-3 and CDV-NIb5, specific to CDV (4), were used in a reverse transcription (RT)-PCR assay that amplified an approximate 1,600-bp fragment from the original Brugmansia sample and inoculated N. bentamiana and N. occidentalis plants. The amplified portion of the genome is the extreme 3' terminus and includes the 3' noncoding sequence, the viral coat protein gene, and part of the viral replicase gene. Fragments were cloned into pCR2.1-TOPO (Invitrogen, San Diego, CA) and two clones from each plant (total of six clones) were sequenced in both directions. Sequences of all clones were essentially identical, with only three nucleotide differences among the clones (GenBank Accession No. EU571230). BLASTn analysis revealed the highest match to several CDV isolates ranging from 98.7 to 99.5% nucleotide sequence identity. BLASTp analysis of the 451 amino acid viral polyprotein translation product gave a similarly high match with CDV isolates, with the highest match to a Hungarian isolate of CDV (GenBank Accession No. CAD26690) of 99.8% identity, or only one mismatch out of 451 amino acids. An additional group of 15 large symptomless Brugmansia plants, located approximately 6 m from the five symptomatic plants, were also tested by RT-PCR and found to be positive. These 15 plants were of a different but also unknown species of Brugmansia. In conclusion, analysis of symptomatic Brugmansia from a Canadian collection by transfer of disease to herbaceous indicators, EM, RT-PCR, and genomic sequence comparisons, are consistent with the detection and identification of the potyvirus Colombian datura virus. To our knowledge, this is the first report of this viral pathogen in Canada. References: (1) S. Adkins et al. Phytopathology (Abstr.) 95(suppl.):S2, 2005. (2) C. R. Fry et al. J. Phytopathol. 152:200, 2004. (3) R. P. Kahn and R. Bartels. Phytopathology 58:58, 1968. (4) J. Schubert et al. J. Phytopathol. 154:343, 2006.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,124

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0050,001
Communication savante0,0020,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,181
Écart entre enseignants0,174 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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