Identification of the hydrophobic glycoproteins of Caenorhabditis elegans
Notice bibliographique
Résumé
Hydrophobic proteins such as integral membrane proteins are difficult to separate, and therefore to study, at a proteomics level. However, the Asn-linked (N-linked) carbohydrates (N-glycans) contained in membrane glycoproteins are important in differentiation, embryogenesis, inflammation, cancer and metastasis, and other vital cellular processes. Thus, the identification of these proteins and their sites of glycosylation in a well-characterized model organism is the first step toward understanding the mechanisms by which N-glycans and their associated proteins function in vivo. In this report, a proteomics method recently developed by our group was applied to identify 117 hydrophobic N-glycosylated proteins of Caenorhabditis elegans extracts by analysis of 195 glycopeptides containing 199 Asn-linked oligosaccharides. Most of the proteins identified are involved in cell adhesion, metabolism, or the transport of small molecules. In addition, there are 18 proteins for which no function is known or predictable by sequence homologies and two proteins which were previously predicted to exist only on the basis of genomic sequences in the C. elegans database. Because N-glycosylation is initiated in the lumen of the endoplasmic reticulum (ER), our data can be used to reassess the previously predicted subcellular localizations of these proteins. As well, the identification of N-glycosylation sites helps establish the membrane topology of the associated glycoproteins. Caenorhabditis elegans strains are presently available with mutations in 17 of the genes we have identified. The powerful genetic tools available for C. elegans can be used to make other strains with mutations in genes encoding N-glycosylated proteins and thereby determine N-glycan function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».