MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W2117027893 · doi:10.1371/journal.pone.0035706

Breast Cancer Risk and 6q22.33: Combined Results from Breast Cancer Association Consortium and Consortium of Investigators on Modifiers of BRCA1/2

2012· article· en· W2117027893 sur OpenAlexaff
Tomas Kirchhoff, Mia M. Gaudet, Antonis C. Antoniou, Lesley McGuffog, Manjeet K. Humphreys, Alison M. Dunning, Stig E. Bojesen, Børge G. Nordestgaard, Henrik Flyger, Daehee Kang, Keun-Young Yoo, Dong‐Young Noh, Sei‐Hyun Ahn, Thilo Dörk, Peter Schürmann, Johann H. Karstens, Peter Hillemanns, Fergus J. Couch, Janet E. Olson, Celine M Vachon, Xianshu Wang, Angela Cox, Ian W. Brock, Graeme Elliott, Malcolm Reed, Barbara Burwinkel, Hiltrud Brauch, Ute Hamann, Yon‐Dschun Ko, Annegien Broeks, Marjanka K. Schmidt, Laura van ‘t Veer, Linde M. Braaf, Nichola Johnson, Olivia Fletcher, Lorna J. Gibson, Julian Peto, Clare Turnbull, Sheila Seal, Anthony Renwick, Nazneen Rahman, Pei-Ei Wu, Jyh-Cherng Yu, Chia‐Ni Hsiung, Chen‐Yang Shen, Melissa C. Southey, John L. Hopper, Fleur Hammet, Thijs Van Dorpe, Anne-Sophie Dieudonné, Sigrid Hatse, Diether Lambrechts, Irene L. Andrulis, Natalia Bogdanova, Natalia Antonenkova, Juri I. Rogov, Daria S. Prokofieva, Marina Bermisheva, Э. К. Хуснутдинова, Christi J. van Asperen, Robert A.E.M. Tollenaar, Maartje J. Hooning, Peter Devilee, Sara Margolin, Annika Lindblom, Roger L. Milne, José Ignacio Arias, M. Pilar Zamora, Javier Benítez, Gianluca Severi, Laura Baglietto, Graham G. Giles, AOCS Study Group, Amanda B. Spurdle, Jonathan Beesley, Helene Holland, Sue Healey, Shan Wang‐Gohrke, Jenny Chang‐Claude, Arto Mannermaa, Veli-Matti Kosma, Jaana M. Kauppinen, Vesa Kataja, Bjarni A. Agnarsson, Maria A. Caligo, Andrew K. Godwin, Heli Nevanlinna, Tuomas Heikkinen, Zachary Fredericksen, Noralane M. Lindor, Katherine L. Nathanson, Susan M. Domchek, Niklas Loman, Per Karlsson, Marie Stenmark Askmalm, Beatrice Melin, Anna von Wachenfeldt, Frans B.L. Hogervorst, Martijn Verheus, Matti A. Rookus, Caroline Seynaeve, Rogier A. Oldenburg, Marjolijn J. L. Ligtenberg, Margreet G.E.M. Ausems, Cora M. Aalfs, Juul Wijnen, E. Gómez, Susan Peock, Margaret Cook, Clare T Oliver, Debra Frost, Craig Luccarini, Gabriella Pichert, Rosemarie Davidson, Carol Chu, Diana Eccles, Kai-Ren Ong, Jackie Cook, Fiona Douglas, Shirley Hodgson, D. Gareth Evans, Rosalind A. Eeles, Bert Gold, Paul D.P. Pharoah, Kenneth Offit, Georgia Chenevix‐Trench, Douglas F. Easton

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of TorontoCancer Care OntarioMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilCancer Research UKUppsala UniversitetSahlgrenska UniversitetssjukhusetAkademiska SjukhusetLunds Universitet
Mots-clésBreast cancerOdds ratioMedicineOncologyInternal medicineAlleleMinor allele frequencyPopulationCase-control studyCancerGeneticsAllele frequencyBiologyEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Recently, a locus on chromosome 6q22.33 (rs2180341) was reported to be associated with increased breast cancer risk in the Ashkenazi Jewish (AJ) population, and this association was also observed in populations of non-AJ European ancestry. In the present study, we performed a large replication analysis of rs2180341 using data from 31,428 invasive breast cancer cases and 34,700 controls collected from 25 studies in the Breast Cancer Association Consortium (BCAC). In addition, we evaluated whether rs2180341 modifies breast cancer risk in 3,361 BRCA1 and 2,020 BRCA2 carriers from 11 centers in the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 (CIMBA). Based on the BCAC data from women of European ancestry, we found evidence for a weak association with breast cancer risk for rs2180341 (per-allele odds ratio (OR) = 1.03, 95% CI 1.00-1.06, p = 0.023). There was evidence for heterogeneity in the ORs among studies (I(2) = 49.3%; p = <0.004). In CIMBA, we observed an inverse association with the minor allele of rs2180341 and breast cancer risk in BRCA1 mutation carriers (per-allele OR = 0.89, 95%CI 0.80-1.00, p = 0.048), indicating a potential protective effect of this allele. These data suggest that that 6q22.33 confers a weak effect on breast cancer risk.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,012
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,020
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,065

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0120,020
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,005
Bibliométrie0,0040,006
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePLoS ONE→Même sujetBRCA gene mutations in cancer→Travaux en français237 207→