Comparison of<i>Campylobacter jejuni</i>Lipooligosaccharide Biosynthesis Loci from a Variety of Sources
Notice bibliographique
Résumé
Campylobacter jejuni strains exhibit significant variation in the genetic content of the lipooligosaccharide (LOS) biosynthesis loci with concomitant differences in LOS structure. The C. jejuni LOS loci have been grouped into six classes based on gene content and organization. Utilizing PCR amplifications of genes from these loci, we were able to classify a majority (80%) of the LOS biosynthesis loci from 123 strains of C. jejuni that included 39 of the Penner serotype reference strains. We found that a particular LOS class was not always associated with a specific Penner serotype, and 14 of 16 Guillain-Barré syndrome-associated isolates tested in this study shared the same LOS class. The remaining isolates that could not be classified were often distinguishable from each other based on the results of gene-specific PCR and the lengths of their LOS biosynthesis loci as determined by long (XL) PCR. Sequence analysis of two of these unique XL PCR products demonstrated two new LOS classes. These results support the hypothesis that the LOS locus is a hot spot for genetic exchange and rearrangements. Analysis of the LOS biosynthesis genes by PCR assays can be used for typing C. jejuni and offers the advantage of inferring potential LOS structures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».