Phylogenetically Clustered Extinction Risks Do Not Substantially Prune the Tree of Life
Notice bibliographique
Résumé
Anthropogenic activities have increased the rate of biological extinction many-fold. Recent empirical studies suggest that projected extinction may lead to extensive loss to the Tree of Life, much more than if extinction were random. One suggested cause is that extinction risk is heritable (phylogenetically patterned), such that entire higher groups will be lost. We show here with simulation that phylogenetically clustered extinction risks are necessary but not sufficient for the extensive loss of phylogenetic diversity (PD) compared to random extinction. We simulated Yule trees and evolved extinction risks at various levels of heritability (measured using Pagel's λ). At most levels of heritability (λ in range of 0 to 10), mean values of extinction risk (range 0.25 to 0.75), tree sizes (64 to 128 tips), tree balance and temporal heterogeneity of diversification rates (Yule and coalescent trees), extinction risks do not substantially increase the loss of PD in these trees when compared to random extinction. The maximum loss of PD (20% above random) was only associated with the combination of extremely excessive values of phylogenetic signal, high mean species' extinction probabilities, and extreme (coalescent) tree shapes. Interestingly, we also observed a decline in the rate of increase in the loss of PD at high phylogenetic clustering (λ → 10) of extinction risks. Our results suggest that the interplay between various aspects of tree shape and a predisposition of higher extinction risks in species-poor clades is required to explain the substantial pruning of the Tree of Life.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».