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Enregistrement W2117355644 · doi:10.1042/bj20101035

Identification and characterization of AtI-2, an<i>Arabidopsis</i>homologue of an ancient protein phosphatase 1 (PP1) regulatory subunit

2011· article· en· W2117355644 sur OpenAlexaff
George W. Templeton, Mhairi Nimick, Nicholas A. Morrice, David G. Campbell, Marilyn Goudreault, Anne‐Claude Gingras, Atsushi Takemiya, Ken‐ichiro Shimazaki, Greg B. G. Moorhead

Notice bibliographique

RevueBiochemical Journal · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePhotosynthetic Processes and Mechanisms
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésArabidopsisBiologyTandem affinity purificationProtein phosphatase 1Gene isoformPhosphataseProtein subunitArabidopsis thalianaPhosphoproteinConserved sequenceSerineProtein phosphatase 2BiochemistryCell biologyPeptide sequencePhosphorylationGeneMutantEnzymeAffinity chromatography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PP1 (protein phosphatase 1) is among the most conserved enzymes known, with one or more isoforms present in all sequenced eukaryotic genomes. PP1 dephosphorylates specific serine/threonine phosphoproteins as defined by associated regulatory or targeting subunits. In the present study we performed a PP1-binding screen to find putative PP1 interactors in Arabidopsis thaliana and uncovered a homologue of the ancient PP1 interactor, I-2 (inhibitor-2). Bioinformatic analysis revealed remarkable conservation of three regions of plant I-2 that play key roles in binding to PP1 and regulating its function. The sequence-related properties of plant I-2 were compared across eukaryotes, indicating a lack of I-2 in some species and the emergence points from key motifs during the evolution of this ancient regulator. Biochemical characterization of AtI-2 (Arabidopsis I-2) revealed its ability to inhibit all plant PP1 isoforms and inhibitory dependence requiring the primary interaction motif known as RVXF. Arabidopsis I-2 was shown to be a phosphoprotein in vivo that was enriched in the nucleus. TAP (tandem affinity purification)-tag experiments with plant I-2 showed in vivo association with several Arabidopsis PP1 isoforms and identified other potential I-2 binding proteins.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,400

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations48
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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