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Enregistrement W2117521220 · doi:10.1073/pnas.0503070102

Apical role for BRG1 in cytokine-induced promoter assembly

2005· article· en· W2117521220 sur OpenAlexaff
Zuyao Ni, Elizabeth Karaskov, Tao Yu, Steven Callaghan, Sandy Der, David S. Park, Zhaodong Xu, Samantha G. Pattenden, Rod Bremner

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCleveland Clinic FoundationCleveland Clinic
Mots-clésPromoterTranscription factorSTAT1CIITAChromatin remodelingActivator (genetics)Chromatin immunoprecipitationCell biologyMolecular biologyBiologyChemistryGeneGeneticsGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

IFN-gamma induction of the CIITA (class II transactivator) promoter (pIV) requires Brahma-related gene 1 (BRG1), a chromatin-remodeling enzyme. However, the events that lead to pIV activation are only partially understood, and the point at which BRG1 acts is unknown. The first IFN-gamma-induced event triggers nuclear translocation of STAT1 (signal transducer and activator of transcription 1), which binds IFN-gamma-responsive promoters. BRG1 is recruited after activator binding at several other inducible loci, and STAT family members are known to bind BRG1, suggesting that BRG1 might act downstream of STAT1. Here, we delineate a comprehensive view of factor assembly and detailed histone modifications at pIV and show that all events, even STAT1 binding, require BRG1 at CIITA pIV and other IFN-gamma target promoters. Recruitment of IFN-stimulated gene factor-3 (ISGF3) [STAT1/STAT2/IFN regulatory factor 9 (IRF9)] to several IFN-alpha-responsive promoters is also BRG1-dependent. In contrast, constitutive BRG1 association at IFN targets is STAT1-independent. Furthermore, BRG1 is required for IFN-induced restriction enzyme and DNase I accessibility at promoters. Thus, BRG1 has an apical role in cytokine-induced promoter assembly, acting upstream of STAT complexes at multiple IFN target loci.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,148

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,325
Écart entre enseignants0,292 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations96
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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