The molecular phylogeny of the order Acipenseriformes revisited
Notice bibliographique
Résumé
As evolutionary relationships within the order Acipenseriformes are not well understood and some classifications are currently controversial, the study of evolutionary relationships, especially based on genetic data, has received much recent attention. In this reanalysis we present a nearly complete proposed phylogeny of the order, including 25 species, based on the maximum likelihood analysis of combined DNA sequence data (4406 base pairs) from five mitochondrial genes sequenced in our laboratories (cytochrome b, 12S rRNA, cytochrome c oxidase subunit II, tRNAAsp and tRNAPhe) and three mitochondrial gene regions sequenced by Birstein et al. (2002) (16S rRNA, NADH5 and control region). Examination of the molecular phylogeny using either maximum likelihood, Bayesian analysis, maximum parsimony or neighbor-joining leads to the following conclusions: (i) the two species of paddlefish do form a clade; (ii) the most basal position within the Acipenseridae remains unresolved, held either by the genus Scaphirhynchus or by the clade containing Acipenser oxyrinchus and A. sturio; (iii) Huso is not monophyletic, with the two species of Huso found embedded separately within the genus Acipenser; (iv) A. sinensis and A. dabryanus are confirmed as closely related; (v) the previously described Atlantic-Pacific subdivision within the Acipenser/Huso complex is supported and (vi) the unexpected placement of Pseudoscaphirhynchus kaufmanni within Acipenser is supported by this analysis. These results offer further evidence that some revision of acipenseriform classification may be needed to accurately inform conservation efforts and that future phylogenetic studies of this group should focus on the analysis of nuclear genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».