MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2117841889 · doi:10.1371/journal.pone.0004851

Functional SNPs in HSPA1A Gene Predict Risk of Coronary Heart Disease

2009· article· en· W2117841889 sur OpenAlexafffund
Meian He, Huan Guo, Xiaobo Yang, Xiaomin Zhang, Li Zhou, Longxian Cheng, Hesong Zeng, Frank B. Hu, Robert M. Tanguay, Tangchun Wu

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueHeat shock proteins research
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchChinese Academy of Medical SciencesTongji UniversityNational Natural Science Foundation of ChinaAmerican Heart Association
Mots-clésSingle-nucleotide polymorphismHaplotypeBiologyGenotypeAlleleGenotypingSNPGeneticsAllele frequencySNP genotypingInternal medicineGeneMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: HSP70 plays crucial roles in endothelial cell apoptosis, which is involved in the early phase and progress of coronary heart disease (CHD). However, the association between polymorphisms of HSP70 genes and the risk of CHD still remains unclear. Our aim was to determine whether genetic variants in the HSPA1A gene are associated with the risk of CHD. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: By resequencing and genotyping, the associations of 2 single nucleotide polymorphisms (SNPs) +190G/C (rs1043618) and -110A/C (rs1008438) in the HSPA1A gene with risk of CHD were determined in a 1,003 pairs case-control study. The SNP function was further analyzed using a luciferase reporter assay in two cell lines. The results indicated that +190CC genotype was associated with significantly higher risk of CHD when compared with +190GG genotype (OR = 1.56, 95% CI: 1.10-2.20, P = 0.012), while association between -110A/C polymorphism and CHD was not statistically significant (P>0.05). However, the -110C/+190C haplotype had a significantly higher risk of CHD when compared with the -110A/+190G haplotype (OR = 1.17, 95% CI: 1.01-1.34, P = 0.031). Luciferase reporter assays showed that the +190C allele resulted in 14% ~ 45% reduction in luciferase expression in endothelial and non-endothelial cells when compared with the +190G allele. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: The identified genetic variants in the HSPA1A gene combinatorially contribute towards the susceptibility to CHD likely by affecting the level of synthesis of HSP70. This study may provide useful markers for identification of subjects at risk for CHD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,432
Score d'incertitude au seuil0,356

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations55
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePLoS ONEMême sujetHeat shock proteins researchTravaux en français237 207