Phylogenetics and molecular identification of the<i>Ochlerotatus communis</i>complex (Diptera: Culicidae) using DNA barcoding and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Ochlerotatus communis (De Geer, 1776) complex consists of four cryptic mosquito species in North America, including: O. communis , Ochlerotatus churchillensis (Ellis and Brust, 1973), Ochlerotatus nevadensis (Chapman and Barr, 1964), and Ochlerotatus tahoensis (Dyar, 1916). Most of the morphological characters used for the identification of these species are quantitative and overlap across species. Here we evaluated the efficacy of DNA barcoding for identification of three members of the communis complex ( O. nevadensis is not included in this study) and developed diagnostic restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns for O. communis and O. churchillensis . A phylogeny of 23 Ochlerotatus Lynch Arribálzaga, 1891 species was inferred using mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene sequences. All species included in our analysis within the O. communis complex were delineated using cytochrome c oxidase subunit I barcodes. However, this complex was recovered as paraphyletic with respect to Ochlerotatus abserratus (Felt and Young, 1904) and Ochlerotatus implicatus (Vockeroth, 1954), indicating the need for increased genetic and taxonomic sampling to infer the phylogenetic relationships of these taxa. The RFLP profile for multiple field specimens of O. communis was distinct from all RFLP patterns for O. churchillensis , and this method can be used as an efficient molecular method for the identification these species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».