WbpO, a UDP-N-acetyl-d-galactosamine Dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa Serotype O6
Notice bibliographique
Résumé
WbpO is associated with B-band lipopolysaccharide biosynthesis in Pseudomonas aeruginosa serotype O6. This protein is thought to catalyze the enzymatic conversion of UDP-N-acetyl-d-galactosamine (UDP-GalNAc) to UDP-N-acetyl-d-galactosaminuronic acid (UDP-GalNAcA). WbpO was overexpressed with a C-terminal hexahistidine tag. The soluble form of expressed WbpO (WbpO(Sol)) exhibited a secondary structure with 29.2% alpha-helix and 20.1% beta-strand. However, no enzymatic activity could be detected using either high performance anion exchange chromatography or capillary electrophoresis-mass spectrometry analysis. An insoluble form of expressed WbpO was purified in the presence of guanidine hydrochloride by immobilized metal ion affinity chromatography. After refolding, this preparation of WbpO (designated as WbpO(Rf)) exhibited stable secondary structure at pH 7.5 to 8.2, and it was enzymatically active. Capillary electrophoresis-mass spectrometry and tandem mass spectrometry analysis showed that WbpO(Rf) catalyzed the conversion of UDP-GalNAc to UDP-GalNAcA. 26 and 22% of the substrate could be converted to UDP-GalNAcA in the presence of NAD(+) and NADP(+) as the cofactors, respectively. The K(m) values of WbpO(Rf) for UDP-GalNAc, NAD(+), and NADP(+) were 7.79, 0.65, and 0.44 mm, respectively. WbpO(Rf) can also catalyze the conversion of UDP-GlcNAc to UDP-GlcNAcA. In conclusion, this is the first report of the overexpression, purification, and biochemical characterization of an NAD(+)/NADP(+)-dependent UDP-GalNAc dehydrogenase. Our results also complete the biosynthetic pathway for GalNAcA that is part of the O-antigen of P. aeruginosa serotype O6 lipopolysaccharide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».