Key Function for the CCAAT-Binding Factor Php4 To Regulate Gene Expression in Response to Iron Deficiency in Fission Yeast
Notice bibliographique
Résumé
The fission yeast Schizosaccharomyces pombe responds to the deprivation of iron by inducing the expression of the php4+ gene, which encodes a negative regulatory subunit of the heteromeric CCAAT-binding factor. Once formed, the Php2/3/4/5 transcription complex is required to inactivate a subset of genes encoding iron-using proteins. Here, we used a pan-S. pombe microarray to study the transcriptional response to iron starvation and identified 86 genes that exhibit php4+-dependent changes on a genome-wide scale. One of these genes encodes the iron-responsive transcriptional repressor Fep1, whose mRNA levels were decreased after treatment with the permeant iron chelator 2,2'-dipyridyl. In addition, several genes encoding the components of iron-dependent biochemical pathways, including the tricarboxylic acid cycle, mitochondrial respiration, amino acid biosynthesis, and oxidative stress defense, were downregulated in response to iron deficiency. Furthermore, Php4 repressed transcription when brought to a promoter using a yeast DNA-binding domain, and iron deprivation was required for this repression. On the other hand, Php4 was constitutively active when glutathione levels were depleted within the cell. Based on these and previous results, we propose that iron-dependent inactivation of Php4 is regulated at two distinct levels: first, at the transcriptional level by the iron-responsive GATA factor Fep1 and second, at the posttranscriptional level by a mechanism yet to be identified, which inhibits Php4-mediated repressive function when iron is abundant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».