Functional Characterization of MigA and WapR: Putative Rhamnosyltransferases Involved in Outer Core Oligosaccharide Biosynthesis of<i>Pseudomonas aeruginosa</i>
Notice bibliographique
Résumé
Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharide (LPS) contains two glycoforms of core oligosaccharide (OS); one form is capped with O antigen through an alpha-1,3-linked L-rhamnose (L-Rha), while the other is uncapped and contains an alpha-1,6-linked L-Rha. Two genes in strain PAO1, wapR (PA5000) and migA (PA0705), encode putative glycosyltransferases associated with core biosynthesis. We propose that WapR and MigA are the rhamnosyltransferases responsible for the two linkages of L-Rha to the core. Knockout mutants with mutations in both genes were generated. The wapR mutant produced LPS lacking O antigen, and addition of wapR in trans complemented this defect. The migA mutant produced LPS with a truncated outer core and showed no reactivity to outer core-specific monoclonal antibody (MAb) 5C101. Complementation of this mutant with migA restored reactivity of the LPS to MAb 5C101. Interestingly, LPS from the complemented migA strain was not reactive to MAb 18-19 (specific for the core-plus-one O repeat). This was due to overexpression of MigA in the complemented strain that caused an increase in the proportion of the uncapped core OS, thereby decreasing the amount of the core-plus-one O repeat, indicating that MigA has a regulatory role. The structures of LPS from both mutants were elucidated using nuclear magnetic resonance spectroscopy and mass spectrometry. The capped core of the wapR mutant was found to be truncated and lacked alpha-1,3-L-Rha. In contrast, uncapped core OS from the migA mutant lacked alpha-1,6-L-Rha. These results provide evidence that WapR is the alpha-1,3-rhamnosyltransferase, while MigA is the alpha-1,6-rhamnosyltransferase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».