Comparison of DNA Fingerprinting Methods for Use in Investigation of Type E Botulism Outbreaks in the Canadian Arctic
Notice bibliographique
Résumé
Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis, and automated ribotyping were compared for epidemiological typing of Clostridium botulinum type E using clinical and food isolates associated with four botulism outbreaks occurring in the Canadian Arctic. All type E strains previously untypeable by PFGE, even with the use of a formaldehyde fixation step, could be typed by the addition of 50 microM thiourea to the electrophoresis running buffer. Digestion with SmaI or XhoI followed by PFGE was used to link food and clinical isolates from four different type E botulism outbreaks and differentiate them from among 39 group II strains. Strain differentiation was unsuccessful with the automated ribotyping system, producing a single characteristic EcoRI fingerprint common to all group II strains. RAPD analysis of C. botulinum group II strains was not consistently reproducible with primer OPJ-6 or OPJ-13, apparently discriminating between epidemiologically related strains. A modified PFGE protocol was judged to be the most useful method for typing epidemiologically related C. botulinum type E strains, based on its ability to type all strains reproducibly and with an adequate level of discrimination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».