Quantitative iTRAQ proteome and comparative transcriptome analysis of elicitor‐induced Norway spruce (<b><i>Picea abies</i></b>) cells reveals elements of calcium signaling in the early conifer defense response
Notice bibliographique
Résumé
Long-lived conifer trees depend on both constitutive and induced defenses for resistance against a myriad of potential pathogens and herbivores. In species of spruce (Picea spp.), several of the late events of pathogen-, insect-, or elicitor-induced defense responses have previously been characterized at the anatomical, biochemical, transcriptome, and proteome levels in stems and needles. However, accurately measuring the early events of induced cellular responses in a conifer is technically challenging due to limitations in the precise timing of induction and tissue sampling from intact trees following insect or fungal treatment. In the present study, we used the advantages of Norway spruce (Picea abies) cell suspensions combined with chitosan elicitation to investigate the early proteome response in a conifer. A combination of iTRAQ labeling and a new design of iterative sample analysis employing data-dependent exclusion lists were used for proteome analysis. This approach improved the coverage of the spruce proteome beyond that achieved in any prior study in a conifer system. Comparison of elicitor-induced proteome and transcriptome responses in Norway spruce cells consistently identified features associated with calcium-mediated signaling and response to oxidative stress that have not previously been observed in the response of intact trees to fungal attack.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».