Rumen Microbiome Composition Determined Using Two Nutritional Models of Subacute Ruminal Acidosis
Notice bibliographique
Résumé
Subacute ruminal acidosis (SARA) is a metabolic disease in dairy cattle that occurs during early and mid-lactation and has traditionally been characterized by low rumen pH, but lactic acid does not accumulate as in acute lactic acid acidosis. It is hypothesized that factors such as increased gut permeability, bacterial lipopolysaccharides, and inflammatory responses may have a role in the etiology of SARA. However, little is known about the nature of the rumen microbiome during SARA. In this study, we analyzed the microbiome of 64 rumen samples taken from eight lactating Holstein dairy cattle using terminal restriction fragment length polymorphisms (TRFLP) of 16S rRNA genes and real-time PCR. We used rumen samples from two published experiments in which SARA had been induced with either grain or alfalfa pellets. The results of TRFLP analysis indicated that the most predominant shift during SARA was a decline in gram-negative Bacteroidetes organisms. However, the proportion of Bacteroidetes organisms was greater in alfalfa pellet-induced SARA than in mild or severe grain-induced SARA (35.4% versus 26.0% and 16.6%, respectively). This shift was also evident from the real-time PCR data for Prevotella albensis, Prevotella brevis, and Prevotella ruminicola, which are members of the Bacteroidetes. The real-time PCR data also indicated that severe grain-induced SARA was dominated by Streptococcus bovis and Escherichia coli, whereas mild grain-induced SARA was dominated by Megasphaera elsdenii and alfalfa pellet-induced SARA was dominated by P. albensis. Using discriminant analysis, the severity of SARA and degree of inflammation were highly correlated with the abundance of E. coli and not with lipopolysaccharide in the rumen. We thus suspect that E. coli may be a contributing factor in disease onset.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».